多言語サイトのSEO対策は少し難しいですが適切に設定を行えばランク付けは可能です。
まず、そのサイトにも言えることなのですがすべてのコンテンツがインデックスされるとは思わない方がいいです。最善を尽くすという意味で下記の回答をさせていただきます。

①hreflangタグとcanonicalタグの適切な使用
1.hreflangタグの使用: 今回質問された内容を見たところ、hreflangタグが適切に設定されているようです。x-defaultを米国バージョンに設定することで、特定の地域に対応していないユーザーや言語設定が存在しないユーザーに対して、デフォルトとしてこのページを表示します。各国の言語・地域に応じたタグ（en-CA, fr-CA, zh-CN）を設定している点も良いと思います。
2.canonicalタグの使用: 各ページに自己参照のcanonicalタグを設定することは、検索エンジンに対してそのページがオリジナルのコンテンツであることを示します。この設定は、特にページ内容が似ている国際的なサイトで重複コンテンツの問題を回避するのに役立ちます。ただし、canonicalタグは主に重複コンテンツの問題を解決するために使用されるため、各地域向けの独自コンテンツがあれば、それぞれ独立してインデックスされるようにしてください。

②コンテンツの重複問題
ウェブサイトが複数存在し、似たようなコンテンツが複数のサイトに掲載されている場合、canonicalタグを活用して、どのページが元のソースであるかを明確にすることが重要です。これにより、検索エンジンは元のページだけを評価の対象とし、重複コンテンツによるペナルティを避けることができます。

③サブドメインからサブフォルダーへの移行
サブドメインからサブフォルダーへの移行は、SEOの観点から好ましい選択です。サブフォルダーを使用することで、メインのドメインが持つ信頼性と権威をサブフォルダーのコンテンツにも適用することができます。移行の際は、301リダイレクトを適切に設定し、旧URLから新URLへのスムーズな移行を保証することが重要です。また、サブフォルダーごとに適切なhreflangタグを設定して、地域ごとの言語バージョンが正確に認識されるようにすることが必要です。

また上記の設定を行ったとしても私の見解では重複するものには、すべての言語ページがインデックス付けされていない可能性があります。これはペナルティではなく、各言語でインデックスを付ける理由がないだけです。

すべての代替案が hreflang マークアップを適切に構築している場合、ページがインデックスに登録されていない場合でも、通常は正しいバージョンが正しい対象ユーザーの検索で表示されます。適切に実行されたとしても、完全に正確であるとは限りません。期待を設定しているだけです。ユーザーの地理位置情報は、さまざまな要因によって混乱する可能性があります。

できる最善のことは、代替バージョンを持つすべてのものをhreflangで適切にマークアップすることです。
すべてがインデックス化されていなくても心配する必要はありません。

これらの代替ページをすべて作成すると、クロールの効率に影響を与える可能性があることに注意してください。サイトが肥大化し、一部の貴重なコンテンツのクロールが遅くなる可能性があります。

お力になれて嬉しいです！クライアントのウェブサイトが各国でのSEO対策において成功を収めることを心から願っています。今後ともご不明点や追加で相談したいことがございましたら、遠慮なくお問い合わせください。今後のプロジェクトでのさらなる成功をお祈りしています。ありがとうございました！